EMAGE Database Design

 

 

Diagram

schema_diagram.png

 

 

Table Descriptions

 

Convension:

     Table whose name ends with _DTB is a derived table for performance reason

     Table whose name ends with _ATB is a derived table for analysis purpose and is not part of the "raw" data

     Table whose name ends with _MMTB is a bridge table for m:m relationship

     Column OID is artificial primary key

     Column ORDERING is used for ordered 1:m relationship on the many side

     Column whose name starts with FK and ends with _ACCESSION is a logical foreign key (not a physical database foreign key for performance reason)

     Column whose name starts with FK and ends without _ACCESSION is a physical database foreign key

 

ACK_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
PROJECT VARCHAR(100)   NN        
REASON VARCHAR(500)   NN        
FK_PERSON BIGINT(20)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


ANNOTATION_IMAGE_DTB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
PURPOSE VARCHAR(50)   NN        
OID BIGINT(20) PK NN        
FILENAME VARCHAR(250)   NN        
FORMAT VARCHAR(100)   NN        
STRENGTH VARCHAR(100)   NN        
FK_SUBMISSION_ACCESSION BIGINT(20)   NN        
X_HIGH SMALLINT(6)   NN        
X_LOW SMALLINT(6)   NN        
Y_HIGH SMALLINT(6)   NN        
Y_LOW SMALLINT(6)   NN        
Z_HIGH SMALLINT(6)   NN        
Z_LOW SMALLINT(6)   NN        


ANNOTATION_TEXT_DTB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
PURPOSE VARCHAR(50)   NN        
OID BIGINT(20) PK NN        
PERCENTAGE FLOAT   NN        
STRENGTH VARCHAR(100)   NN        
FK_SUBMISSION_ACCESSION BIGINT(20)   NN        
TISSUE_ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
TISSUE_NAME VARCHAR(100)   NN        
VOLUME BIGINT(20)   NN        


ANTIBODY_REAGENT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
FK_WET_IHC BIGINT(20) PK NN        
ANTIBODY_REAGENT VARCHAR(100)   NN        
OID_EXPERIMENT BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
ORDERING INTEGER(11) PK NN        


ANTIBODY_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
ANTIBODY_TYPE VARCHAR(100)   NN        
CATALOGUE_NO VARCHAR(100)   NN        
LABEL VARCHAR(100)   NN        
RAISED_IN VARCHAR(100)   NN        
SUPPLIER VARCHAR(100)   NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
FK_SEQUENCE BIGINT(20)   NN        


CELL_LINE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
FK_NOTE BIGINT(20)   NN        


CONTEXT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
DB_NAME VARCHAR(100)   NN        
DB_VERSION VARCHAR(100)   NN        
GENE_IMAGE_ROOT VARCHAR(250)   NN        
GENE_IMAGE_SEGMENT_ROOT VARCHAR(250)   NN        
IMAGE_ROOT VARCHAR(250)   NN        
IMAGE_SEGMENT_ROOT VARCHAR(250)   NN        
SPECIES VARCHAR(100)   NN        
STAGE_TYPE VARCHAR(100)   NN        
SUBMISSION_ACCESSION_PREFIX VARCHAR(100)   NN        


EXPERIMENT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
OID_EXPERIMENT BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
CLEARING_METHOD VARCHAR(100)   NN        
EMBEDDING_REAGENT VARCHAR(100)   NN        
FIXATION_REAGENT VARCHAR(100)   NN        
SIGNAL_DETECT_METHOD VARCHAR(100)   NN        
SPECIMEN_TYPE VARCHAR(100)   NN        
FK_GENE BIGINT(20)   NN        
FK_PROBE_NOTE BIGINT(20)   NN        
FK_ORGANISM BIGINT(20)   NN        
FK_SPECIMEN_NOTE BIGINT(20)   NN        


EXPRESSION_TEXT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
LOCATION VARCHAR(250)   NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
PATTERN VARCHAR(100)   NN        
STRENGTH VARCHAR(100)   NN        
TISSUE_ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
FK_NOTE BIGINT(20)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


GENE_MAP_ATB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
MODERATE_FILE_NAME VARCHAR(250)   NN        
NOT_DETECT_FILE_NAME VARCHAR(250)   NN        
ONTOLOGY_NAME VARCHAR(1000)   NN        
POSSIBLE_FILE_NAME VARCHAR(250)   NN        
STAGE VARCHAR(100)   NN        
STATUS VARCHAR(100)   NN        
STRONG_FILE_NAME VARCHAR(250)   NN        
SUB_ACCESSION VARCHAR(1000)   NN        
SYMBOL VARCHAR(100)   NN        
VIEW_FILE_NAME VARCHAR(100)   NN        
WEAK_FILE_NAME VARCHAR(250)   NN        


GENE_SYNONYM_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
FK_GENE BIGINT(20) PK NN        
SYNONYM VARCHAR(250) PK NN        
OID BIGINT(20) PK NN        


GENE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(250)   NN        
SYMBOL VARCHAR(100)   NN        


HISTORY_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
RESOURCE VARCHAR(100)   NN        
HISTORY_TYPE VARCHAR(100)   NN        
WEB_URL VARCHAR(250)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


IMAGE_POSITION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
FK_IMAGE BIGINT(20)   NN        
FK_SECTION_POSITION BIGINT(20)   NN        


IMAGE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
CATEGORY SMALLINT(6)   NN        
FILENAME VARCHAR(250)   NN        
FORMAT VARCHAR(100)   NN        
HEIGHT SMALLINT(6)   NN        
METHOD VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
WIDTH SMALLINT(6)   NN        
FK_NOTE BIGINT(20)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


LINK_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
LINK_TYPE VARCHAR(100)   NN        
WEB_URL VARCHAR(250)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


LONG_TEXT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
TEXT VARCHAR(2000)   NN        


MAPPED_IMAGE_POSITION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
FK_MAPPED_IMAGE BIGINT(20)   NN        
FK_SECTION_POSITION BIGINT(20)   NN        


MAPPED_IMAGE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
PURPOSE VARCHAR(50)   NN        
OID BIGINT(20) PK NN        
FILENAME VARCHAR(250)   NN        
FORMAT VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
PATTERN VARCHAR(100)   NN        
STRENGTH VARCHAR(100)   NN        
FK_NOTE BIGINT(20)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


MUTANT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
GENE VARCHAR(100)   NN        
PARENT_ONE VARCHAR(100)   NN        
PARENT_TWO VARCHAR(100)   NN        
FK_ORGANISM BIGINT(20)   NN        


ORGANISM_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(300)   NN        
SEX VARCHAR(50)   NN        
SPECIES VARCHAR(100)   NN        
STAGE_VALUE VARCHAR(100)   NN        
STAGING_METHOD VARCHAR(100)   NN        
STRAIN VARCHAR(250)   NN        
WILD_TYPE SMALLINT(6)   NN        


ORGANIZATION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ADDRESS VARCHAR(150)   NN        
CITY VARCHAR(100)   NN        
COUNTRY VARCHAR(100)   NN        
FAX VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
POSTCODE VARCHAR(100)   NN        
TEL VARCHAR(100)   NN        
WEB_URL VARCHAR(250)   NN        


PERSON_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
EMAIL VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
TEL VARCHAR(100)   NN        
FK_ORGANIZATION BIGINT(20)   NN        


PROBE_ISH_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
CHEMISTRY VARCHAR(100)   NN        
OID BIGINT(20) PK NN        
CLONE_NAME VARCHAR(100)   NN        
LABEL VARCHAR(100)   NN        
TEMPLATE_TYPE VARCHAR(100)   NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        


PROBE_SEQ_MMTB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
FK_PROBE BIGINT(20)   NN        
FK_SEQUENCE BIGINT(20)   NN        


PROBE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
ORIGIN_TYPE VARCHAR(100)   NN        
SEQUENCE_TYPE VARCHAR(100)   NN        
FK_CELL_LINE BIGINT(20)   NN        
FK_ORGANISM BIGINT(20)   NN        


PUBLICATION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
AUTHORS VARCHAR(350)   NN        
PAGES VARCHAR(100)   NN        
TITLE VARCHAR(250)   NN        
FK_PUBLICATION_INFO BIGINT(20)   NN        


PUBLICATION_VOLUME_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
AUTHORS VARCHAR(100)   NN        
ISSUE VARCHAR(100)   NN        
NAME VARCHAR(100)   NN        
PUBLISHER VARCHAR(100)   NN        
VOLUME VARCHAR(100)   NN        
PUBLICATION_YEAR VARCHAR(100)   NN        


REGION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
FK_PROBE BIGINT(20) PK NN        
REGION VARCHAR(100) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
OID BIGINT(20) PK NN        


SECTION_POSITION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
DISTANCE FLOAT   NN        
PHI FLOAT   NN        
THETA FLOAT   NN        
X FLOAT   NN        
Y FLOAT   NN        
Z FLOAT   NN        


SEQUENCE_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
ACCESSION VARCHAR(100)   NN        
END_LOC BIGINT(20)   NN        
START_LOC BIGINT(20)   NN        
FK_SEQUENCE_DETAIL BIGINT(20)   NN        


SUB_PUB_MMTB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ORDERING SMALLINT(6)   NN        
FK_PUBLICATION BIGINT(20)   NN        
FK_SUBMISSION BIGINT(20)   NN        


SUBMISSION_COMMENT_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
FK_SUBMISSION BIGINT(20) PK NN        
COMMENT VARCHAR(1024)   NN        
OID BIGINT(20) PK NN        
ORDERING INTEGER(11) PK NN        


SUBMISSION_SUMMARY_DTB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION BIGINT(20)   NN        
ASSAY_QUALITY VARCHAR(100)   NN        
ASSAY_TYPE VARCHAR(100)   NN        
GENE_SYMBOL VARCHAR(100)   NN        
GENOTYPE VARCHAR(100)   NN        
PROBE_ID VARCHAR(100)   NN        
RECENT_HISTORY VARCHAR(100)   NN        
SPECIMEN_STRAIN VARCHAR(200)   NN        
SPECIMEN_TYPE VARCHAR(100)   NN        
STAGE VARCHAR(100)   NN        
STAGING_QUALITY VARCHAR(100)   NN        
USER_STAGE VARCHAR(100)   NN        


SUBMISSION_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID BIGINT(20) PK NN        
ACCESSION BIGINT(20)   NN        
ASSAY_QUALITY VARCHAR(100)   NN        
AUTHORS VARCHAR(500)   NN        
CREATION_TIME VARCHAR(100)   NN        
PROJECT VARCHAR(100)   NN        
REFERENCE_STAGE VARCHAR(50)   NN        
STAGING_QUALITY VARCHAR(100)   NN        
STATUS VARCHAR(100)   NN        
VALIDATION VARCHAR(100)   NN        
FK_CURATOR BIGINT(20)   NN        
FK_EXPERIMENT BIGINT(20)   NN        
FK_INVESTIGATOR BIGINT(20)   NN        


WET_IHC_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
OID_EXPERIMENT BIGINT(20) PK NN        
OID_PROBE BIGINT(20) PK NN        
FK_PROBE BIGINT(20)   NN        


WET_ISH_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
DIRECTION VARCHAR(100)   NN        
LABEL VARCHAR(100)   NN        
OID_EXPERIMENT BIGINT(20) PK NN        
FK_PROBE BIGINT(20)   NN        


WET_REPORTER_TB
ColumnName DataType PrimaryKey   NotNull   Flags Default Value Comment AutoInc
EXPERIMENT_ID VARCHAR(100)   NN        
REPORTER VARCHAR(100)   NN        
OID_EXPERIMENT BIGINT(20) PK NN